公司没有任何正当理由扣工资的行为是违法的，如果扣除员工加班工资，建议员工及时向劳动行政主管部门投诉，如果情况属实，行政主管部门应该责令用人单位返还违法扣除员工的工资，并可以责令支付。但是有正当理由的，公司可以代扣工资。
一、公司扣工资把加班算在里面吗?
公司无故扣员工工资是违法的，员工可以向劳动行政部门投诉。
《劳动法》
第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
二、用人单位可以代扣工资的情形有哪些?
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项费用;
(三)法院判决、裁定中要求代扣的、赡养费;
(四)、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
三、的计算依据是什么?
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
四、被违法扣工资可以单方离职吗?
被违法扣工资的，员工可以单方离职。根据规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;
(二)未及时足额支付劳动报酬的;
(三)未依法为劳动者缴纳社会费的;
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;
(五)因法定情形致使劳动合同无效的;
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
加班工资也属于员工的个人工资所得，如果公司有正当理由，比如代扣个人所得税或者扣除了员工要缴纳的那部分社保费用，这种情况下公司的行为完全是合法的。对于公司无正当理由扣工资的行为，员工也可以先和公司协商处理，但不能漠视公司的违法行为。
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