纠纷的正确处理程序是：
1.协商。知识纠纷当事人双方协商后，对纠纷问题有了一个解决方式，达成一个和解协议。
2.调解。知识产权纠纷当事人一方或者双方申请，由法院、仲裁机构或调解人在当事人进行协调，之后对纠纷达成协议，解决知识产权纠纷。
3.仲裁。首先当事人愿意通过仲裁，将纠纷提交给仲裁机构进行审理，然后仲裁机构对双方争议的地方进行处理，作出仲裁裁决或者调解书。之后由知识产权纠纷的当事人进行履行。
4.诉讼。双方当事人对知识产权纠纷问题不能够协商、调解等情况下，当事人可以到法院进行起诉。因为这种方式，是最有力，最能够让对方信服的方式。
二、 知识产权纠纷的诉讼时效法务时刻提醒您，知识产权诉讼的时效是三年。根据相关规定，侵犯、著作权、的诉讼时效为三年。并且该诉讼时效自利权人或者相关利害关系人知道或者应当知道行为以及侵权人之日起计算。
《中华人民共和国专利法》第七十四条
侵犯专利权的诉讼时效为三年，自专利权人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为以及侵权人之日起计算。
申请公布后至专利权授予前使用该发明未支付适当使用费的，专利权人要求支付使用费的诉讼时效为三年，自专利权人知道或者应当知道他人使用其发明之日起计算，但是，专利权人于专利权授予之日前即已知道或者应当知道的，自专利权授予之日起计算。
三、 知识产权纠纷的情形常见的知识产权纠纷有：
1.归属权纠纷。是指主体之间就谁是真正的知识产权人谁应该具有知识产权所发生的争议，如是单方知识产权人还是共同知识产权人等纠纷。
2.侵权纠纷。是指知识产权人与不特定第三人因侵权行为发生的争议，如未经知识产权人许可，擅自使用其知识产权÷导致双方发生的纠纷。
3.。是指知识产权转让、许可使用等合伺中各方当事人因合同而引起的争议，如受让方超越合同授权导致双方发生的纠纷。
4.行政纠纷。是指当事人对知识产权行政管理机关所做出的决定不服而引起的争议，如对有关行政机关的处理决定不服而产生的纠纷。
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