商标软件著作权和版权的区别是申请机构保护对象，保护期限和客体不同。从申请结构上来说的话，商标主要就是通过商标局来进行申请，但是版权著作权的话是通过中国版权登记中心来进行申请登记的。
一、商标软件著作权和版权的区别是什么?
商标和版权著作权的区别主要体现在以下几个方面：
1、申请机构不一样
商标是通过商标局进行申请的，版权是通过中国版权登记中心进行登记的。
2、保护对象不同
我国的获得必须履行商标注册程序，而且实行申请在先原则。《中华人民共和国商标法》规定，经商标局核准注册的商标为注册商标，商标注册人享有商标专用权，受保护。著作权一般自动产生，不需要经过某些特别程序，根据《中华人民共和国》的规定，我国的公民和法人以及非法人组织是以作品的完成为著作权产生的标志而不是发表时。
3、保护期限不同。商标的期限只有10年有限期，超过10年需要进行商标续展。而版权进行登记之后，保护期为作者终生及死后50年。
4、客体不同。商标是区别同一商品或者服务的不同经营者并表明商品或者服务质量的商标标识本身。而版权(著作权)是针对文字、音乐、艺术、科学创作等原创的保护。
二、商标权、版权著作权被侵犯怎么办?
1、自行协商。如果双方能在行为发生之后和解，则既可以使著作权人迅速有效地实现和维护自己的权益，也可以使侵权人避免声誉的损害。不愿意协商或者协商不成，当事人可以直接向法院提起民事诉讼。
2、调解。指双方当事人在第三人的协助下协商解决纠纷调解人的范围十分广泛，双方可以选择著作权行政管理机关、人民调解委员会、律师等双方信任的机关或者个人来主持调解。但调解必须建立在自愿原则的基础上，只要有一方不愿意进行调解，则不可以强行调解。
3、仲裁。依《著作权法》第55条的规定，双方当事人可以根据达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。仲裁往往仅限于，而且提请仲裁必须有书面协议或书面的仲裁条款。
4、民事诉讼。发生著作权纠纷后，如果双方不愿意协商或者协商不成不愿意调解协议或是调解后反悔的而且当事人没有有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的或是虽经仲裁裁决但人院认为仲裁裁决有法定不应执行的情形的，都可以直接向人民法院起诉。
在当代的社会，目前我们国家关于商标权和著作权在进行保护的时候，适用的法律，还有就是相关的一些处理的方式都是不一样的，在这里需要提醒大家注意，如果存在商标侵权行为或者是行为的话，一定要找准法律来维护自身的合法权益。
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