海绵状血管瘤中很重要的一类是脑干的海绵状血管畸形或者海绵状血管瘤，实际上脑干部位发生海绵状血管瘤和其他的大脑部位，在病理学上没有太大区别，只是由于疾病长在了脑干部位，而这种疾病又是一种容易反复出血的疾病，尤其是以前出过血的病人更容易出血。由于脑干是一个神经和核团非常密集的部位，出血容易造成严重的症状，因此，脑干的海绵状血管畸形必须造成病人足够的重视。脑干的海绵状血管畸形是倾向于做手术治疗的一类疾病，如果病人以前有出血经历，就得要考虑要不要手术，如果病人以前出过两次或者多次出血，一般倾向于进行手术治疗。有的病人会觉得脑干部位手术风险非常大，但是要反过来考虑，如果不手术，病变反复出血，会造成更高的危险。很多医生门诊时，遇到脑干的海绵状血管瘤病人就会面临要不要让病人做伽马刀的问题。总体来说，经过目前的对照研究，一般认为伽马刀可能会有一定的效果，但是伽马刀对于脑干的海绵状血管畸形治疗的副作用非常大，甚至会超过它的治疗作用。因此，一般不建议脑干的海绵状血管畸形病人去做伽马刀，而建议进行手术治疗。
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